Ο ιατρός Νικόλαος Μπαλτογιάννης ειδικεύτηκε στην Χειρουργική Παίδων στην Β’ Χειρουργική Κλινική του Νοσοκομείου Παίδων Αθηνών «Η Αγία Σοφία» την οποία ολοκλήρωσε το έτος 2001.
Είναι διδάκτορας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, υπότροφος του Α. Σ. Ωνάσειου Κοινωφελούς Ιδρύματος και γενικός γραμματέας της Ελληνικής Εταιρείας Χειρουργών Παίδων. Ως υπότροφος μετεκπαιδεύτηκε στην αλλοδαπή, στην Πανεπιστημιακή Παιδοχειρουργική Κλινική του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου «Federico II» της Νεάπολης Ιταλίας, με αντικείμενο τις προχωρημένες ενδοσκοπικές διουρηθρικές επεμβάσεις στα παιδιά.
Εργάστηκε σε κλινικές του ιδιωτικού τομέα έως το 2006 (Ευρωκλινική Παίδων και Μητέρα). Στην συνέχεια κατέλαβε θέση επιμελητή στο ΕΣΥ στην Παιδοχειρουργική Κλινική του Νοσοκομείου Παίδων Αθηνών «Η Αγία Σοφία», από την οποία αποχώρησε με το βαθμό του Επιμελητή Α΄ για να αναλάβει θέση διευθυντή στο Παιδιατρικό Κέντρο του Ομίλου Ιατρικού Αθηνών την οποία κατέχει έως σήμερα.
Σε ό,τι αφορά στο κλινικό του έργο ο ιατρός, κατά το παραπάνω 15ετές χρονικό διάστημα, έχει πραγματοποιήσει ιδιαίτερα μεγάλο αριθμό χειρουργικών επεμβάσεων σε όλο το φάσμα της παιδοχειρουργικής, με ιδιαίτερη έμφαση στις νεογνικές, ογκολογικές, συγγενείς ανωμαλίες του γαστρεντερικού και ουροποιογεννητικού συστήματος (συγγενές μεγάκολο, ατρησία πρωκτού, υποσπαδία, κ.α.) και λαπαροσκοπικές επεμβάσεις.
Είναι ενεργό μέλος των Επιστημονικών Εταιρειών International Pediatric Endosurgery Group, European Society of Paediatric Endoscopic Surgeons και της Ελληνικής Εταιρείας Χειρουργών Παίδων. Κατέχει πιστοποίηση των Colorectal Laparoscopic Surgical Skills από το European Surgical Institute της Γερμανίας, έλαβε πρόσφατα μέρος στο Advanced Course in Pediatric VideoSurgery στην Γαλλία, στο Minimally Invasive Pediatric Course – “Laparoscopic and retroperitoneoscopic surgery in urology” στην Ιταλία, στο Advanced Pediatric Life Support στην Ελλάδα και στο International Workshop Hypospadias Surgery στην Αυστρία.
Τελευταία ο ιατρός εκπαιδεύτηκε στην ρομποτική χειρουργική στο International school of Robotic Surgery της Ιταλίας.
Έχει συμμετάσχει σε συγγραφή βιβλίων και μονογραφιών, ανακοινώσεων, ομιλιών και διετέλεσε εισηγητής και πρόεδρος σε ελληνικά συνέδρια και συμμετείχε ως μέλος της οργανωτικής επιτροπής σε πολλά συνέδρια της χειρουργικής παίδων. Είναι κριτής διεθνών επιστημονικών περιοδικών και διδάσκει μαθήματα παιδοχειρουργικής σε φοιτητές του 6ου έτους Ιατρικής Σχολής Αθηνών και σε νοσηλευτές παιδιατρικής εξειδίκευσης.